Az épület már kívülről is bámulatba ejt, ez persze nem meglepő, hisz 1559-ben a toszkán fővárost uraló I. Cosimo de’ Medici a neves művészt, Michelangelo tanítványát, Giorgo Vasarit bízta meg a tervek elkészítésével. Igaz ekkor még nem múzeumról volt szó, az Uffizi (a szó hivatalt jelent- a szerk.) eredeti szerepe az volt, hogy Firenze közigazgatási hivatalait egyetlen épületegységben egyesítse, a köz nagyobb kényelmére.

1565-ben elkészült a maga nemében egyedülálló Vasari-folyosó amely a Pitti-palotából kiindulva a Ponte Vecchión át vezetett az Uffiziig, s onnan a Nagyhercegség épületéig, a Palazzo Vecchioig, I. Cosimo de’ Medici nagyherceg székhelyéig. Az épülő hivatali palota lehetséges funkciója aztán megváltozott. 1574-ben meghalt I. Cosimo de’ Medici, utóda I. Francesco de’ Medici lett. Időközben a nagyhercegi család átköltözött a Pitti-palotába, s felszabadultak a Vecchio palota helyiségei, amelyekbe végül az Uffizibe szánt kormányzati hivatalokat telepítették. I. Francesco de’ Medici a Medici-család képzőművészeti gyűjteményének jó részét az Uffiziben helyezte el, a nagyon féltett képzőművészeti darabok (például a Medici-Venus) a Pitti-palotában maradtak, s később csak fokozatosan, néha nagyobb mennyiségben, néha csak darabonként kerültek át az Uffizibe. A születő múzeum törzsanyagát teljes egészében a mecenatúrájáról is híres Medici család gyűjteménye alapozta meg.
De térjünk vissza magához az épülethez, melynek ablakai Firenzére és a környező tájakra nyílnak, mintegy otthont kínálva a szobor- és festménygyűjteményeknek. A városnak ezen a részén a palota építése előtt is voltak szép házak, ezt a kérdést Vasari ugy oldotta meg, hogy az utca két oldaláról U alakban összefogó loggiasor magába olvasztotta a helyszín korábbi építményeit is, de már nem az egyes épületek álltak a figyelem központjában, hanem egy komplexum.
A tervező egyébként nem élhette meg a csodás alkotás elkészültét, ugyanis ős is elhunyt 1574-ben. Az Uffizi-palota építkezési munkálatait Alfonso Parigi és Bernardo Buontalenti folytatta, az előbb említett, megváltozott igényeknek megfelelően. A földszinten meghagytak hivatali helyiségeket, az emeleten viszont több termet alakítottak ki a Medici képzőművészeti gyűjteménynek, illetve elkezdték a Tribuna terem építését is. A terem előtti kisebb szobában Francesco de’ Medici alkimista laboratóriumot rendeztetett be magának, melyben csodagyógyszerek készítésével foglalkozott.

1580-ban fejezték be az Uffizi fal építését, ekkor készítette el Buontalenti a bevezető kapuzatot, az osztott timpanonjáról híres Porta delle Supplichét. A következő évben kifestették a galéria mennyezetét, bár ez akkoriban sokakból ellenérzést váltott ki. A közvélemény – meg persze a politikai ellenfelek – által groteszknek csúfolt mennyezetfestményen a korabeli manierista ízlésvilág jelent meg, képzeletbeli virágokkal, madarakkal, gyümölcsökkel, angyaltorzókkal. Megszületett a Medici gyűjteményhez méltó környezet, a múzeum.
Művészetek a középpontban
1583-ban egy függőkertet alakítottak ki Buontalenti tervei nyomán a Loggia del Lanzi felett, ugyanitt egy bronzszoborral díszített kutat is elhelyeztek. Még ugyanebben az évben Buontalenti tervei szerint az Uffizi első emeletének keleti szárnyában kialakították a Medici színházat. A terem nagy újdonsága volt az a lejtős nézőtér, mely lehetővé tette, hogy mindenki egyformán jól lássa a színpadon játszódó előadást. Az Uffizi így már nemcsak egy páratlan gyűjtemény épülete, hanem a társasági élet egyik központja is lett.
1585-ben elkészült a nyolcszög alakú Tribuna terem, amelybe a Mediciek legbecsesebb műalkotásait helyezték el. A Tribuna érdekessége, hogy 1773-ig szinte érintetlen maradt. A Medici-dinasztia kihalása után 30 évvel azonban a nagy átrendezés alkalmával teljesen lerombolták, de aztán újjáépítették így 1971-től újra az Uffizi ékessége.

Kiváló mesterekből – aranyművesek, metszetkészítők, festők, üvegesek, asztalosok – álló népes csapat látta el az Uffiziben folyamatosan jelentkező feladatokat, számukra külön helyet biztosított az uralkodó az Uffizi földszintjén, sőt 1588-ban már felügyelőt nevezett ki a sokrétű feladatot ellátó mesterek fölé Emilio de’ Cavalieri római nemes személyében, voltaképpen benne tisztelhetjük az Uffizi első igazgatóját.
A Medici család kiterjedt rokonsága révén is szépen gyarapodott a múzeum, az elhunyt rokonok értékes műtárgyaikat sorra a gyűjteményre hagyták. A Mediciek kihalása után szerződésbe foglalták, hogy az Uffizi gyűjteményeivel Firenze városa rendelkezik a köz javára, a városból elvinni a gyűjtemények egyetlen darabját sem lehet. Gyakorlatilag a nagyhercegség fővárosára, Firenzére szállt a Medici család gyűjteménye.

1795-ben Puccini múzeumigazgató azt javasolta, hogy minden kép mellett kis táblácskán tüntessék fel az alkotó nevét. III. Ferdinánd örömmel üdvözölte az igazgató javaslatát, s reménykedett abban, hogy az itáliaiak jobban megismerik majd a külföldi művészek nevét és alkotásait is, az elit közönség mellett egyre szélesebb közönség felé nyitott az Uffizi Képtár.
Öngyarapítás
1864-ben érdekes kezdeményezés kiindulópontja volt az Uffizi, mely felkérte a híres festőket, hogy fessék meg önarcképüket, s azzal gyarapítsák a múzeum meglévő önarckép festményeit. Óriási siker koronázta az ötletet, talán máig is az Uffizi rendelkezik a leghíresebb önarcképgyűjteménnyel.

A múzeum ma ismert kinézetének kialakításában fontos szerepe volt annak, hogy 1866-ban megnyitották a közönség számára az Uffizitől a Pitti-palotáig vezető Vasari-folyosót, így egy múzeumot csináltak a kettőből. A folyosó falaira nagy mennyiségű képet, metszetet, falikárpitot állítottak ki, szám szerint 1716 múzeumi tárgyat, köztük a világ legnagyobb összefüggő önarcképgyűjteményét is.
Háborús pusztítás és bombatámadás
Az I. világháború szörnyűségit szinte károk nélkül vészelte át a páratlan gyűjtemény, de a következő világégésnél már sajnos nem volt ilyen szerencsés az Uffizi. A II. világháború közeledtével Firenze vezetése arra az elhatározásra jutott, hogy a múzeumokat ki kell üríteni. Az Uffizi gyűjteményeit régi Medici-rezidenciákba, vidéki kastélyokba és Firenze környéki magánvillákba, megbízható családokhoz szállították. Eleinte ez jó megoldásnak tűnt, de kiderült a háború során, hogy a magányosan meghúzódó vidéki kastélyok jó állomáshelyeket biztosítottak a sietve észak felé menekülő katonák nagyszámú és fegyelmezetlen csoportjainak, akik számos műtárgyat elhurcoltak vagy megrongáltak. A világháború után Filippo Rossi, az Uffizi igazgatója hatalmas munkába kezdett, melynek köszönhetően a műtárgyak végül majdnem mind előkerültek.

A múzeum történetének legnagyobb átalakítását az 1960-as években végezték el. Nemcsak belső munkálatokat végeztek termek, átjárók egybenyitása révén, hanem az épületet körülvevő környezetet is felújíttatták. Tágasabb, bejárhatóbb, körüljárhatóbb lett a múzeum, alkalmassá vált nagyobb forgalom lebonyolítására, turisták fogadására. Ekkor egyébként felbecsültették a műtárgyak eszmei értékét is, melyet akkor 600 millió dollárban állapítottak meg.
1993-ban egy – máig ismeretlen eredetű – autóbomba robbant a múzeumnál, öt ember halálát okozva. Az épület egy része és több műtárgy is megsérült, igaz ekkorra már a leghíresebb alkotásokat golyóálló üveg védte. 2007-ben egy borzalmas vihar csapott le Firenzére, a látogatókat ki kellett menekíteni az Uffizi épületéből. Végül a károk ellenére a XXI. század eleje nagy fellendülést hozott a múzeumnak, méltán jár csodájára az egész világ a Mediciek egykori palotájának.
Óriási érdeklődés
2016-ban mintegy kétmillió látogató volt kíváncsi az Uffizi kincseire, mely ezzel a leglátogatottabb itáliai műgyűjtemény lett. A pénztárak előtt, a nyári főszezonban akár öt órát is sorban állnak a turisták. Természetesen online is vásárolhatunk belépőket, így elkerülhetjük a várakozást.