A csodálatos múzeumot, melyben egykor perzsa kapuk és szőnyegek, egyiptomi kerámiák, észak-afrikai mozaikok és csodás kalligráfiák találtak otthonra, 2014 januárjában érte a pusztítás, mikor felrobbant a szomszédos biztonsági erők parancsnoki épülete. A detonáció nagy pusztítást okozott a nem sokkal korábban átadott múzeumban. 2017-ben azonban újra megnyitottak a kapui, így jelenleg büszkén újra viselheti a világ legnagyobb múzeuma címet, ahol Mohamed próféta állítólagos kardját és több más személyes tárgyát is őrzik.
A külföldi pénzügyi és szakmai támogatással helyreállított, modernizált és kibővített múzeum három új kiállító teremmel gyarapodott, így a korábbi 1450 helyett 4400 kiállítási tárggyal várja a látogatókat. A merényletben megsérült páratlan műkincsek java részét sikerült helyreállítani, tíz tárgy azonban végérvényesen megsemmisült.
A kairói Iszlám Művészeti Múzeum helyreállítását 50 millió egyiptomi font (770 millió forint) adománnyal támogatta az Egyesült Arab Emírségek. Az épület és a súlyosan károsodott homlokzat újjáépítéséhez, a restaurátorműhelyek helyreállításához, az új kiállítási vitrinek beszerzéséhez és a kurátorok továbbképzéséhez hozzájárult még az UNESCO, az olasz kormány és a kairói Amerikai Kutatóintézet, valamint a svájci kormány is.